Newsletter RNBIO Gennaio 2009, Anno 1, Numero 1

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I partner della rete

Istituto Nazionale per la Ricerca sul Cancro, Genova, P. Romano (paolo.romano@istge.it).
Il gruppo di Bioinformatica dell’IST di Genova lavora in stretta collaborazione con le strutture di Genomica Funzionale e di Proteomica dell’Istituto per l’utilizzo dei più innovativi tool bioinformatici nelle loro attività di ricerca e per lo sviluppo di nuovi software e database.
L’interesse prevalente dell’Unità operativa è rivolto all’automazione delle procedure di recupero e di analisi dati dalla rete Internet tramite workflow management systems, come Taverna.Nell’ambito del progetto, l’U.O. contribuirà in particolare alle attività dei gruppi di lavoro e alla formazione. Paolo Romano, responsabile dell’unità, è anche il coordinatore della rete, con Marco Crescenzi dell’ISS.

Istituto Europeo di Oncologia, Milano, F. Ciccarelli (francesca.ciccarelli@ifom-ieo-campus.it)
Il nostro gruppo è interessato allo studio del genoma umano mediante l’analisi comparativa con altri eucarioti. Questo tipo di analisi ci ha consentito di identificare particolari proprietà dei geni associati al cancro, quali il loro livello di duplicabilità. Le nostre analisi hanno evidenziato che i geni del cancro duplicano meno se paragonati al resto dei geni umani. Abbiamo inoltre rilevato che i geni del cancro codificano per proteine statisticamente più connesse che altre proteine umane. Queste proprietà caratteristiche possono essere interpretate come indice di fragilità dei geni del cancro nei confronti delle modificazioni del dosaggio genico.

Istituto Nazionale Tumori, Milano, A. Decarli, E. Biganzoli (adriano.decarli@unimi.it)

L’unità studia profili biologici e sviluppa modelli predittivi in oncologia tramite strumenti di Biostatistica Computazionale e Bioinformatica. Partecipa al NoE BIOPATTERN. Lo studio dei bioprofili tramite cluster analysis e la loro proiezione su nuovi casi tramite modelli di classificazione frequentista e Bayesiana sono i suoi principali ambiti di ricerca.
L’unità partecipa al PhD programme BIOPTRAIN e ha esperienze di formazione sull'analisi statistica di dati complessi in campo bioinformatico. L’unità provvederà al supporto biostatistico per i corsi teorici e pratici della rete.

Istituto Regina Elena (Rome Oncogenomics Center), Roma, G. Piaggio, M. Fanciulli (piaggio@ifo.it)

Questa U.O. si prefigge l'obbiettivo di coordinare e condividere le conoscenze acquisite dalle U.O. del progetto nell'ambito dell'oncogenomica funzionale (profili di espressione genica, profili di interazioni proteine/DNA, profili di espressione di microRNA). Un contributo di questa unità operativa sarà quello di organizzare banche dati contenenti sequenze di oligonucleotidi identificanti regioni regolative di DNA umano utili allo sviluppo di nuovi chip genomici per lo studio di geni bersaglio per il legame di singoli fattori trascrizionali o regolatori della cromatina rilevanti per diverse patologie neoplastiche.

Centro Riferimento Oncologico, Aviano (PN), V. Gattei, D. Marconi (vgattei@cro.it)

Il contributo principale del CRO di Aviano alla rete si inserisce nell’ambito dell’oncogenomica funzionale, grazie anche all’esperienza maturata attraverso l’utilizzo delle due piattaforme di microarray (Agilent e Operon) per esperimenti di gene expression applicati alla leucemia linfatica cronica. Tra gli obiettivi dell’unità vi è il coordinamento del gruppo di oncogenomica, la messa a disposizione di tool bioinformatici già esistenti (MultiSAM) e la realizzazione di un documento contenente linee guida per le buone pratiche (statistiche e bioinformatiche) per le analisi oncogenomiche.

Istituto Oncologico, Bari, S. Tommasi (s.tommasi@oncologico.bari.it)

La nostra U.O. si interessa di analisi di dati high-throughput sia di espressione che genomici con diverse finalità: 1. identificazione di profili che identifichino peculiari classi di pazienti; 2. estrazione di caratteristiche che evidenzino l’evoluzione clonale di alcune patologie neoplastiche; 3. studio della modalità di attivazione di piccole molecole ad attività farmacologica. Il nostro obiettivo è trovare le metodologie statistiche e gli algoritmi più innovativi che ci permettano di ottenere nelle nostre linee di ricerca i risultati più affidabili.

Istituto Ortopedico Rizzoli, Bologna, L. Sangiorgi (luca.sangiorgi@ior.it)

L’U.O. partecipa alla rete nell’ambito di una collaborazione tra Istituti Ortopedici Rizzoli, CINECA e Università di Ferrara: il laboratorio multidisciplinare per lo studio della tecnologia dei Microarray e l’integrazione dei dati clinici con quelli genetico molecolari, denominato GebbaLab. L’obiettivo del laboratorio è di offrire servizi e prodotti tecnologici per la comunità clinica.
In particolare, l'U.O. partecipa alla rete per la formazione su strumenti bioinformatici e tecnologie informatiche e, forte dell’infrastruttura del CINECA, mettendo a disposizione i relativi strumenti di supercalcolo.

Istituto Clinico Humanitas, Milano, M. Locati (massimo.locati@humanitas.it)

L’U.O. di Humanitas è interessata allo studio del ruolo di leucociti infiltranti nella biologia tumorale. Gli obiettivi sono rappresentati dalla caratterizzazione dei differenti tipi di attivazione cellulare mediante l’analisi del profilo trascrizionale espresso e dalla identificazione del ruolo che differenti fattori trascrizionali e microRNA svolgono in questo processo.

Ospedale San Raffaele, Milano, G. Lavorgna (lavorgna.giovanni@hsr.it)

È noto che lo stato di globale ipometilazione del genoma nei tumori favorisce la de-repressione trascrizionale ed e' stato ipotizzato che, in questo stato patologico, la facilitata trascrizione di trascritti naturali antisenso (TNA) possa interferire con l'attività di geni oncosoppressori, dando luogo alla pathway maligna. Nella nostra unità operativa abbiamo sviluppato un algoritmo, AntiHunter, in grado di identificare questi trascritti antisenso nelle librerie di EST tumorali e lo abbiamo applicato alla identificazione di TNA del melanoma. Ci proponiamo, nel corso dei prossimi mesi, sia di validare sperimentalmente i TNA tumorali già identificati che di mettere a disposizione della comunità scientifica il nostro software tramite una interfaccia web.

Istituto Scienze dell’Alimentazione, CNR, Avellino, A.Facchiano (angelo.facchiano@isa.cnr.it)

L'unità è impegnata in attività di ricerca su sviluppo ed applicazione di strumenti bioinformatici per la caratterizzazione strutturale e funzionale di proteine, simulazioni molecolari, analisi di dati "omici", databases. Partecipa all'organizzazione di convegni, workshop e corsi per la diffusione della conoscenza nel campo della bioinformatica.

Istituto Dermopatologico Immacolata, Roma, G. Russo, D. Arcelli (russo@idi.it)

L’Unità di Bioinformatica dell’IDI-IRCCS (http://bioinformatics.idi.it/) studia l'identificazione e la caratterizzazione di geni interessati nello sviluppo dei tumori e intende sviluppare metodologie d’analisi innovative per la ricerca di geni responsabili di patologie complesse. Nuovi geni candidati possono essere individuati tramite percorsi differenti: la tecnologia basata su DNA chip permette la misura dell’espressione di migliaia di geni, l'analisi statistica, basata su metodi standard deve essere estesa integrando dati da fonti eterogenee. Fondamentale è collegare fenotipo individuale e informazioni genomiche fornite dagli esperimenti su microarray.

Istituto Superiore di Sanità, Roma, P. Roazzi (paolo.roazzi@iss.it )

L’U.O. progetta sistemi informativi di rilevanza sanitaria e ambientale anche tramite collaborazioni a livello nazionale e internazionale. Gestisce l'infrastruttura e i server dell’Istituto e ne predispone i collegamenti geografici. Progetta, sviluppa e gestisce basi dati, applicazioni scientifiche e sistemi informativi gestionali. Progetta, sviluppa e coordina il sito istituzionale dell'Ente. Effettua seminari e corsi di formazione per il personale interno e del Servizio sanitario nazionale. L’U.O. collaborerà allo sviluppo di database e sofware per i registri tumori.

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