Newsletter RNBIO Gennaio 2009, Anno 1, Numero 1

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Focus sul Gruppo di Lavoro di Metodologia Biostatistica e Bioinformatica

Referente: Elia Mario Biganzoli (INT - Università degli Studi di Milano. Direzione: Adriano Decarli)
Il Gruppo si prefigge di promuovere l'uso di strumenti bioinformatici e di svilupparli tramite le tecnologie informatiche e telematiche più innovative con l’obiettivo di migliorare l’efficienza e la qualità dell’analisi in-silico; intende inoltre coordinare le attività di ricerca e sviluppo su tematiche specifiche di ricerca e cliniche che possano portare all’ideazione di nuovi strumenti bioinformatici, la cui realizzazione possa essere portata a termine in progetti finalizzati, finanziati su nuovi bandi nazionali e internazionali.
Il Gruppo intende organizzare e svolgere corsi relativi all'uso di strumenti bioinformatici e tecnologie ICT più innovative per il loro sviluppo, nonché seminari e workshop nei quali saranno presentati i risultati delle attività svolte dai partner nell’ambito della rete; si prefigge inoltre la messa in comune, sul sito web del progetto, di strumenti bioinformatici, software e database, in supporto all’oncologia clinica e sperimentale, evidenziando competenze e strumenti sviluppati dai ricercatori della rete, garantendone il mantenimento e l’aggiornamento costante. Intende infine sviluppare collaborazioni con gestori di servizi di High Performance Computing e infrastrutture di rete avanzate (Grid) per l'accesso e l'utilizzo degli stessi, a partire dalle collaborazioni già in atto, e prevedendone, ove possibile, l’allargamento ai partner e agli Istituti di ACC.
Il gruppo intende mettere a confronto esperienze e competenze diverse su argomenti di comune interesse, configurandosi come punto di incontro tra bioinformatici, biostatistici, biologi e clinici e favorendo ogni iniziativa diretta al dialogo di dette figure. La partecipazione ai gruppi potrà essere estesa su invito.
Verrà effettuata inoltre un’indagine per valutare le necessità di supporto metodologico biostatistico e bioinformatico alla ricerca "omica" condotta nel contesto del consorzio RNBIO. L’indagine sarà mirata alla ricognizione del grado di formazione e competenza metodologica statistica con riferimento alle metodologie di pianificazione di esperimenti ed analisi di dati high-throughput.
L’indagine potrà essere separatamente estesa esternamente ad RNBIO su base di partecipazione volontaria.
Il gruppo di lavoro collaborerà strettamente con gruppi e società scientifiche nazionali ed internazionali, quali il Gruppo di Lavoro di Biostatistica Informatica della Società Italiana di Biometria con il quale si prevede la co-organizzazione di seminari, simposi autonomi e sessioni in conferenze nazionali ed internazionali.
Come attività di sviluppo scientifico si prevede il contributo alla realizzazione di consorzi nazionali che integrino competenze di eccellenza sui fronti biomolecolari, bioinformatici e biostatistici e che possano essere referenti o partecipanti di proposte progettuali alla Commissione Europea o al NIH USA. Inoltre è prevista la produzione e validazione di nuove metodologie di analisi dei dati come librerie software in linguaggio R o MATLAB.

Obiettivi anno 2009:

• Questionario ed indagine conoscitiva per la valutazione delle necessità di supporto metodologico biostatistico e bioinformatico alla ricerca "omica" interne ai partecipanti a RNBIO
• Estensione del questionario ed indagine al punto su scala Nazionale per la valutazione delle necessità diffuse.
• Organizzazione di almeno due giornate tecniche dedicate a relazioni scientifiche su temi di interesse metodologico congiunto bioinformatico e biostatistico per RNBIO.
• Organizzazione di almeno un corso intermedio di metodologia bioinformatica e biostatistica e sull’uso e le proprietà di strumenti software per l’analisi di dati omici.
• Conduzione di almeno un progetto pilota per la realizzazione di librerie software in linguaggio R e/o MATLAB per l’analisi di dati omici.
• Costruzione di almeno un progetto di ricerca metodologica sui temi portanti indicati dall’attività dei Gruppi di Lavoro RNBIO dedicati agli aspetti biomedici.

Partecipanti: Stefania Tommasi (Bari), Daniela Marconi (Aviano), Francesca Ciccarelli (Milano), Silvia Giuliani (Bologna), Giulia Piaggio (Roma), Giovanni Lavorgna (Milano)

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