Newsletter RNBIO Gennaio 2009, Anno 1, Numero 1

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I Gruppi di lavoro

Automazione dei processi d’analisi on-line
P. Romano (paolo.romano@istge.it)

L'informazione biologica è contraddistinta dall’eterogeneità e distribuzione in rete dei sistemi informativi, nonché dalla notevole quantità di dati prodotti da metodologie e strumentazione high-throughput e gestibili solo tramite software. È quindi necessario sviluppare strumenti software per l’automazione delle procedura di recupero e analisi dei dati.
Questi software devono basarsi su modelli dati condivisi e interfacce programmatiche, accessibili cioè direttamente dal software, anziché dai ricercatori. Si tratta quindi di sviluppare modelli dati basati su XML Schema, archiviare e scambiare i dati utilizzando i linguaggi XML relativi, implementare Web Services per l'accesso alle informazioni e agli strumenti d'analisi, creare e rendere disponibili workflow scientifici in grado di automatizzare le analisi di interesse dei singoli ricercatori.
L’attività del gruppo comprenderà una survey sugli strumenti già disponibili (modelli dati, linguaggi XML, ontologie, Web Services, workflow management systems), lo sviluppo di workflow dimostrativi in ambito oncologico, la redazione di un rapporto sulle potenzialità dell'automazione e sui relativi strumenti e, infine, l’organizzazione di un corso di formazione sulla buona programmazione in bioinformatica.

Oncogenomica
D. Marconi (daniela.marconi@bo.infn.it),
G. Lavorgna(lavorgna.giovanni@hsr.it)

Con il crescente numero di dati di sequenziamento e di dati di espressione genica (microarray) diventa essenziale lo sviluppo di strumenti bioinformatici in grado di trattare dati di elevata dimensionalità. Inoltre per ottenere risultati significativi è importante diffondere tra i membri di RNBIO delle buone prassi statistiche e bioinformatiche.

Obiettivi generali:

• rendere disponibili a tutti i membri della rete RNBIO i tool bioinformatici già esistenti;
• realizzare linee guida (documento wiki o pdf) per indirizzare la scelta del miglior approccio bioinformatico in grado di trattare un determinato problema;
• diffondere tra i membri della rete RNBIO nozioni di base di statistica e di programmazione.

Attività primo anno

• "Introduction to R": corso di base sul linguaggio R. Daniela Marconi ha partecipato come organizzatore e docente alla realizzazione dell’evento.
• Realizzazione di pacchetti specifici che saranno presto messi a disposizione sul sito web di RNBIO

Oncoproteomica
A. Facchiano (angelo.facchiano@isa.cnr.it)

• raccolta di informazioni su software e metodi di analisi dei dati da studi proteomici, valutazione delle fasi di analisi su cui sviluppare nuovi metodi bioinformatici;
• definizione di un programma per un corso sull'uso degli strumenti bioinformatici per la proteomica.

Bioinformatica strutturale
A. Facchiano (angelo.facchiano@isa.cnr.it)

Obiettivi:

• realizzazione di un gruppo di lavoro con collegamenti ad altre reti e gruppi analoghi a livello nazionale ed internazionale;
• collaborazione ad attività di ricerca di comune interesse; sviluppo di documentazione su procedure di utilizzo software, metodi e protocolli di analisi dati.

Trattamento dei dati di sequenziamento di nuova generazione
F.Ciccarelli (francesca.ciccarelli@ifom-ieo-campus.it)

Questo gruppo di lavoro nasce dalla necessità di sviluppare conoscenze adeguate per il trattamento di dati di sequenziamento provenienti da sistemi di nuova generazione. Tali sistemi sono stati introdotti molto recentemente e stanno rivoluzionando il mondo della genomica. I maggiori vantaggi rispetto ai metodi tradizionali risiedono nella quantità di dati che vengono prodotti e nella elevata versatilità del sistema, la quale consente di applicare i dati di sequenziamento per molteplici finalità scientifiche. Molte delle unità operative che costituiscono la rete RNBIO si apprestano a lavorare con dati prodotti usando questi sistemi, per la cui interpretazione non esiste ancora un protocollo definito. Il gruppo di lavoro si prefigge di agire quale punto di incontro e forum di discussione per lo scambio di opinioni e conoscenze. La presenza di diversi profili scientifici e professionali favorirà tale scambio e ne costituirà un punto di forza.

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