Referente: Angelo Facchiano, Istituto di Scienze dell’Alimentazione, CNR, Avellino angelo.facchiano@isa.cnr.it
Partecipanti: M. Crescenzi e S. Camerini, ISS, Roma; P. Romano e M. Rocco, IST, Genova; E. Biganzoli, INT, Milano; E. Rossi e S. Giuliani, CINECA, Bologna; S. Tommasi, IRCCS Osp. Oncologico, Bari; L. Zammataro, Humanitas, Milano 

ll Gruppo di Lavoro “Oncoproteomica” è stato proposto allo scopo di focalizzare l’attenzione sulle necessità bioinformatiche di una ampia area di lavoro.
L’utilizzo dell’approccio proteomico negli studi oncologici, finalizzato sia alla conoscenza dei meccanismi molecolari alla base delle diverse patologie, sia alla individuazione di potenziali markers proteici di stati patologici o dei differenti stadi della malattia, genera una mole di dati che richiede l’ausilio della bioinformatica. Infatti, le diverse necessità correlate alla analisi ed interpretazione dei dati stessi, ma anche ad altri aspetti quali l’archiviazione e consultazione periodica, nonché il confronto con dati già presenti in archivi specializzati, sarebbero impossibili senza l’aiuto di strumenti bioinformatici adeguati.
Va infine anche sottolineato come la complessità dello stesso dato sperimentale è spesso tale da richiedere il continuo sviluppo di nuovi strumenti per l’elaborazione dell’informazione e per ottenere una più efficace interpretazione del fenomeno biologico.
Il Gruppo di Lavoro “Oncoproteomica” si è posto come obiettivi:

1. individuare gli strumenti bioinformatici già esistenti utilizzati a supporto della ricerca oncologica negli studi di proteomica, e valutare le necessità a cui gli strumenti esistenti non riescono a dare risposte soddisfacenti;
2. realizzare nuovi strumenti bioinformatici, per le esigenze individuate nell’obiettivo precedente, anche mediante l’interazione con gli altri gruppi di lavoro della Rete (in particolare, Automazione nell’analisi dei dati);
3. definire un programma di formazione sull’uso degli strumenti bioinformatici di maggiore interesse per studi di oncoproteomica.

Attività svolta
Sono state effettuate consultazioni tra i partecipanti così da raccogliere informazioni sui software di interesse per i ricercatori impegnati in questo settore della ricerca.
La consultazione è stata ampliata con ulteriori ricercatori non partecipanti alla rete, così da avere un quadro più ampio possibile sulle necessità sentite dalla comunità dei ricercatori impegnati in studi di proteomica.
Sono stati sviluppati degli strumenti bioinformatici di ausilio all’analisi di spettri di massa, in particolare dedicati al confronto tra gli spettri ottenuti come repliche di analisi su campioni riferiti alle stesse condizioni sperimentali, così come per confronto di spettri ottenuti da campioni riferiti a condizioni sperimentali differenti, allo scopo di evidenziare segnali comuni e segnali caratteristici. Altri strumenti sono in fase di sviluppo, dedicati all’analisi delle liste di proteine ottenute dagli studi, ed all’interpretazione dei risultati finali. Si è inoltre posto il problema della archiviazione e gestione dei dati sperimentali ottenuti mediante spettrometria di massa, che costituiscono una enorme massa di dati la cui gestione risulta comunemente basata sull’archiviazione dei file prodotti dalle strumentazioni di laboratorio, mediante la normale struttura a cartelle e sottocartelle dei sistemi operativi in uso sui personal computer. È emersa quindi la necessità di un più efficace sistema di archiviazione e consultazione dei dati.
È stato definito il programma per il corso “Bioinformatica per la proteomica”, nel quale saranno coinvolti come docenti sia ricercatori partner della rete, sia ricercatori esterni. Il corso sarà tenuto entro la fine del 2009 e si prevede che abbia una durata di tre giorni.
Questi gli argomenti principali individuati, su cui si articoleranno le lezioni:

• utilizzo dei principali strumenti bioinformatici,
• gestione e analisi dei dati proteomici,
• strumenti statistici per il (pre)processing dei dati di spettrometria di massa,
• automazione delle procedure d'analisi dati in ambito distribuito,
• predizione delle interazioni tra proteine.