Referente: Daniela Marconi, Centro di Riferimento Oncologico Aviano, Pordenone (daniela.marconi@gmail.com).
Direzione: Valter Gattei (vgattei@cro.it)
Partecipanti: A. Facchiano, CNR, Avellino; G. Lavorgna, HSR, Milano

Con il crescente aumento del numero di dati di sequenziamento genomico e di dati di espressione genica provenienti da svariate piattaforme, quali microarray, SAGE, deep sequencing, etc., è divenuto essenziale lo sviluppo di strumenti bioinformatici in grado di trattare dati di elevata dimensionalità. Inoltre, la crescente complessità delle tecniche di analisi e dei software che le implementano, ha creato l'esigenza di diffondere delle buone prassi statistiche e bioinformatiche tra i membri di RNBIO e della comunità scientifica in generale. Infine, è evidente come RNBIO cominci a configurarsi anche come una piattaforma dove le diverse unità ed i gruppi di lavoro trovano un fertile terreno di scambio di conoscenze ed esperienze differenti, anche per progetti non ancora esplicitamente contemplati dalla Rete.
Sulla base di queste premesse, il gruppo si è prefisso i seguenti obiettivi generali.

1. Rendere disponibili a tutti i membri della rete RNBIO svariati tool bioinformatici già esistenti, con una particolare preferenza per quelli di maggior interesse ed utilizzo in ambito oncologico.
2. Realizzazione di alcune linee guida (documento wiki o pdf) per indirizzare la scelta del miglior approccio bioinformatico in grado di trattare un determinato problema.
3. Diffusione tra i membri della rete RNBIO di nozioni di base di statistica e di programmazione.
4. Insegnamento di buone pratiche di bioinformatica sia mediante seminari che lezioni o corsi in ambito accademico.
5. Sviluppo di collaborazioni con gestori di servizi di calcolo ad alte prestazioni ed infrastrutture di rete avanzate (Grid) per l'accesso e l'utilizzo degli stessi, a partire dalle collaborazioni già preesistenti, e prevedendone, ove possibile, l’allargamento ai partner e agli Istituti finanziati da Alleanza Contro il Cancro (ACC).

1. "Introduction to R": corso di base sul linguaggio R. Daniela Marconi (collaboratore dell’unità CROAviano) ha partecipato come organizzatore e docente alla realizzazione dell’evento.
2. Realizzazione di pacchetti specifici che saranno presto messi a disposizione sul sito web di RNBIO.
3. Messa a punto di una interfaccia web per l'accesso con registrazione al software AntiHunter, un programma in grado di identificare trascritti antisenso in banca dati. La pagina è accessibile all'indirizzo: https://sara.unile.it/cgi-bin/libi/ enter.
4. E' stato effettuato un aggiornamento al marzo 2009 dei database usati dal programma ed è stato messo a punto uno script in grado di poter eseguire automaticamente questo aggiornamento con cadenza mensile.
5. Insegnamento del corso di Bioinformatica agli studenti del terzo anno del corso di laurea in Biotecnologie dell’Università Vita Salute dell'Ospedale San Raffaele di Milano. Il corso, della durata di 45 ore, è stato tenuto da Giovanni Lavorgna, Principal Investigator della unità Fondazione Centro San Raffaele del Monte Tabor.
6. Presentazioni effettuate ad incontri periodici della rete RNBIO e a congressi.
7. Attività di revisione scientifica (referee) per riviste scientifiche del settore.
8. Allargamento della attività del gruppo di lavoro di oncogenomica ad altri gruppi lavoro. Giovanni Lavorgna e Daniela Marconi hanno aderito anche ai gruppi di lavoro di 'deep sequencing' coordinato dalla dottoressa Francesca Ciccarelli (IFOM, Milano) ed al gruppo di lavoro di Metodologia Biostatistica e Bioinformatica diretto dal prof. Elia Biganzoli (Istituto Nazionale dei Tumori, Milano).
9. Realizzazione del pacchetto R del MultiSAM.
10. Tavolo di discussione con il gruppo di lavoro di Metodologia Biostatistica e Bioinformatica sulla possibilità di intraprendere un percorso di sensibilizzazione della Rete per passare da una prospettiva “tool-driven” ad una prospettiva “statistically-driven” in campo Bioinformatico.