BASE DI PARTENZA E MOTIVAZIONI

L’esigenza di allestire una rete di bioinformatica per gli Istituti che fanno parte di Alleanza contro il Cancro nasce dalla constatazione che la ricerca biomedica dipenderà sempre più dall'analisi delle informazioni disponibili e, quindi, dalla consapevolezza che la bioinformatica diventerà nei prossimi anni il più importante strumento di supporto all’analisi disponibile per i ricercatori. Già ora, la genomica e la proteomica dipendono fortemente dall’analisi automatica delle informazioni per svolgere le ormai classiche elaborazioni di analisi di sequenza, predizione di domini genomici attivi, di struttura, analisi funzionale dell’espressione genica, etc... In prospettiva, altri ambiti di ricerca, quali l’analisi della variabilità genetica e delle mutazioni e l’analisi del metaboloma, produrranno grandi quantità di dati che potranno essere analizzati esclusivamente in-silico. A titolo d’esempio, si considerino alcuni numeri: le banche dati di sequenze nucleotidiche hanno incrementato la propria dimensione del 40% in media negli ultimi tre anni, una delle principali banche dati di esperimenti di microarray, ArrayExpress, ha duplicato la propria dimensione in ciascuno degli ultimi due anni, la lista dei siti SRS pubblici comprende un elenco di più di 1,300 distinti database, il supplemento annuale di Nucleic Acids Research dedicato alle banche dati di biologia molecolare ha elencato nel 2006 più di 680 database.

Le ovvie problematiche di analisi dati in-silico che derivano da questa ingente mole di informazioni sono ulteriormente complicate dalla distribuzione dei dati sulla rete Internet e dalla eterogeneità dei sistemi informativi. A questa eterogeneità corrispondono diversi software di gestione dati, diversi formati, diverse sintassi e, a volte, diverse semantiche. In questa situazione, anche la gestione dei dati e l’integrazione delle informazioni derivate da diverse sorgenti informative, compiti attualmente svolti dai ricercatori, diventano esse stesse motivazioni sufficienti per un supporto bioinformatico infrastrutturale.

A fianco di queste attività, legate prevalentemente alla ricerca, si sta affermando anche un settore di interesse traslazionale e clinico, la Bioinformatica Clinica. Appare infatti chiaro come sia sempre più necessario integrare le informazioni cliniche dei pazienti oncologici con informazioni genomiche per orientare la pratica diagnostica e terapeutica alla medicina personalizzata. In tale contesto, la pianificazione di studi e l’analisi statistica di dati integrati di tipo clinico e “omico”, per la valutazione del contributo diagnostico e prognostico di tecnologie molecolari avanzate, si giova della cooperazione fra ricercatori informatici e statistici biomedici.

Gli IRCCS oncologici non hanno sinora sviluppato competenze, risorse ed esperienze bioinformatiche adeguate a questo contesto, salvo limitati casi. Al contrario, molti Istituti oncologici europei, quali il DKFZ di Heidelberg e il CNIO di Madrid, nonché l’NCI negli Stati Uniti, hanno da tempo investito cospicue risorse, attivato importanti gruppi di lavoro, e iniziano a ottenere i primi risultati significativi.

Il Servizio di Bioinformatica del CNIO è uno dei più importanti nodi dell’Istituto Nazionale di Bioinformatica spagnolo (INB), mentre al DKFZ sono presenti sia l’aspetto di ricerca (Divisione di Bioinformatica Teorica), che quello di servizio (Unità di Bioinformatica nella Divisione di Biofisica Moleculare). Il Center for Bioinformatics dell’NCI (NCICB), creato nel 2001, ha attualmente uno staff di 50 persone, tra informatici, biologi e medici. Gli obiettivi dell’NCICB sono quelli di sviluppare e fornire strumenti che, prevedendo la condivisione delle informazioni tra ricerca e clinica (“bench-to-bedside-and-back”), consentano di aumentare l’efficienza della ricerca e di facilitare la ricerca traslazionale. Le informazioni gestite riguardano larga parte del dominio oncologico: biologia cellulare e molecolare, genomica, istopatologia, farmacologia e clinical trials. Questi dati sono integrati con sorgenti esterne e forniscono un corpo omogeneo per le applicazioni sviluppate. L’NCICB sviluppa e mette a disposizione infrastrutture informatiche critiche per la creazione di nuovi database e software.

Gli Istituti di Alleanza contro il Cancro devono quindi elevare le competenze in questo settore strategico a un livello adeguato alle esigenze dei prossimi anni. La peculiarità di ACC, una federazione di Istituti autonomi e paritetici, nessuno dei quali avrebbe la “massa critica” necessaria, fa sì che una rete di coordinamento e cooperazione sia la struttura più idonea a consentire un efficace confronto tra bioinformatici, biologi e medici, un effettivo trasferimento di competenze tra Istituti, la valorizzazione delle competenze e dei risultati dell’attività bioinformatica svolta e la progettualità necessaria per risolvere efficacemente i problemi che si presenteranno nei prossimi anni.

La relativa novità, per gli Istituti ACC, della tematica impone lo svolgimento di uno studio di fattibilità che, nel corso del primo anno di progetto, consenta di definire precisamente le aree scientifiche di ricerca e cliniche di interesse per la rete, avendo cura di coinvolgere il maggior numero possibile di IRCCS oncologici e altri istituti di ricerca interessati.

PRECEDENTI AGGREGAZIONI REALIZZATE

Non esistono precedenti collaborazioni organiche tra Istituti di ACC sulla bioinformatica. Alcuni ricercatori partecipano attivamente alle attività della Società Italiana di Bioinformatica (BITS) e dell’International Society for Computational Biology (ISCB) e ovviamente hanno sviluppato collaborazioni sporadiche o mirate ad aspetti specifici.

Sono invece molto frequenti le collaborazioni su base locale o per specifici interessi di ricerca (si veda anche il contributo di ciascuna unità operativa). A Genova è attivo un gruppo di collaborazione sulla Genomica Funzionale (GeGenomics), che raggruppa praticamente tutti i ricercatori genovesi, biologi, ingegneri, informatici, matematici, fisici e medici, che condividono l'interesse nella genomica e più in generale nella biologia in-silico. L’accento è posto sul lavoro interdisciplinare per lo sviluppo di mezzi di analisi di dati complessi. Il gruppo gestisce un corso di "Biology for Dummies" e organizza incontri mirati per la stesura di progetti di genomica ("pre-project peering"). L’ISA di Napoli ha collaborazioni in studi oncologici con ricercatori dell’ISS, dell’IRCCS-IDI, dell’Istituto Pascale e della Seconda Università di Napoli, nonché una avviata attività di confronto e collaborazione con altri centri di ricerca campani. A Bologna, nell’ambito del progetto GebbaLab, sviluppato da Istituti Ortopedici Rizzoli, CINECA e Università di Ferrara, sono attive collaborazioni con gli istituti di Candiolo, S. Giovanni Rotondo, e con l’IDI. A Milano sono attive altre strette collaborazioni su base locale nell’ambito del Campus IFOM-IEO. Il CRO di Aviano ha una collaborazione con l’INFN e il Dipartimento di Fisica delll’Università di Bologna, l’ITC-IRST di Trento e il Dipartimento di Bioinformatica del Centro de Investigación Principe Felipe di Valencia (vedi contributo relativo). Quattro partner del progetto, IST, ISA, IDI e CINECA, hanno recentemente partecipato al progetto FIRB “Identificazione e analisi funzionale delle alterazioni molecolari e geniche che caratterizzano i tumori della mammella ormono-responsivi”, sviluppando in particolare la collaborazione sull’analisi bioinformatica dei dati da microarray.

Alcuni partner del progetto hanno collaborazioni con il CILEA e il CINECA rispettivamente nell’ambito del Laboratorio Interdisciplinare di Tecnologie Bioinformatiche (LITBIO, http://www.litbio.org/ ) e del Laboratorio Internazionale di Bioinformatica (LIBi, http://www.libi.it/ ).

La Rete Nazionale di Bioinformatica Oncologica che nasce ora potrà avvalersi quindi di queste precedenti collaborazioni e i partner potranno portare competenze che vanno al di là di quelle strettamente disponibili al proprio interno.

OBIETTIVO PRINCIPALE ED EVENTUALI OBIETTIVI SECONDARI DEL PROGETTO

L’obiettivo principale della Rete Nazionale di Bioinformatica Oncologica è la creazione di un efficace coordinamento delle attività bioinformatiche degli Istituti partecipanti ad Alleanza contro il Cancro al fine di integrare ed elevare le attuali competenze e poter quindi ottimizzare e innovare le attività di ricerca e cliniche in oncologia basate sull’analisi in-silico e sull’automazione delle procedure e dei processi, nonché di partecipare a progetti di livello internazionale e, più in generale, competere ai massimi livelli della ricerca in questo settore.

Gli obiettivi secondari del progetto fanno riferimento ad aspetti relativi ad attività di supporto alla ricerca e alla clinica, alla formazione del personale, alla collaborazione interistituzionale e all’identificazione e definizione di nuovi progetti di ricerca di base e traslazionale.

Si ritiene in particolare di poter identificare i seguenti obiettivi concreti:

1. Promozione dell'uso di strumenti bioinformatici e dello sviluppo degli stessi, tramite le tecnologie informatiche e telematiche più innovative con l’obiettivo di migliorare l’efficienza e la qualità dell’analisi in-silico
2. Coordinamento delle attività di ricerca e sviluppo su tematiche specifiche di ricerca e cliniche che possano portare all’ideazione di nuovi strumenti bioinformatici, la cui realizzazione può essere portata a termine in progetti finalizzati, finanziati su bandi nazionali e internazionali distinti
3. Avvio e sviluppo di collaborazioni tra la rete di bioinformatica di ACC e Istituti oncologici europei e internazionali d’eccellenza, sulla base sia di progetti comunitari che bilaterali, nonché con altre reti e infrastrutture di ricerca, anch’esse da concretizzare con finanziamenti distinti
4. Valorizzazione delle competenze e degli strumenti/servizi sviluppati e mantenuti dagli IRCCS in supporto all’oncologia clinica e sperimentale, anche nell’ottica di favorirne lo sviluppo secondo modalità informatiche di buon livello e di migliorarne le prestazioni
5. Avvio e sviluppo di collaborazioni con gestori di servizi di High Performance Computing e infrastrutture di rete avanzate (Grid), nazionali e internazionali, per favorire l’utilizzo di software di elevata complessità e di grandi esigenze computazionali

Questi obiettivi corrispondono ai criteri definiti nel bando del Programma 2. In particolare, il progetto:

1. si propone di fornire strumenti e infrastrutture bioinformatiche e telematiche che facilitano il lavoro personale e collaborativo dei membri di ACC tramite l’implementazione di un opportuno sito di riferimento;
2. prevede la partecipazione della maggioranza dei membri di ACC in quanto non si pone come una rete riservata ai bioinformatici, ma aperta a tutti i ricercatori e i clinici, ponendosi come un luogo di incontro e confronto tra le diverse professionalità tramite il quale sia possibile identificare e affrontare le esigenze e gli interessi di tutti; si intende allargare al massimo la partecipazione, soprattutto all’attività formativa, sfruttando le collaborazioni esistenti dei partner con altri enti/ricercatori.
3. favorisce la realizzazione e l’ampliamento di reti regionali e interregionali che possono essere propedeutiche a uno sviluppo in ambito europeo in quanto i partner si rendono disponibili a sostenere e promuovere le attività della rete nei loro rispettivi ambiti regionali;
4. ha numerosi agganci con progettualità europee per la partecipazione a progetti ERANET (Registro Tumori) ed ESFRI (Biobanche, Biologia Strutturale, Bioinformatica), nonché ai bandi del VII Programma Quadro HEALTH e IST (Challenges 1.2 ‘Service and Software Architectures, Infrastructures and Engineering‘ and 5.3 ‘Towards Sustainable and Personalised Healthcare - Virtual Physiological Human’).

A ciascuno di questi obiettivi corrispondono uno o più strumenti attuativi che sono descritti in maggior dettaglio nel seguente paragrafo sulla metodologia della rete.

METODOLOGIA

Per raggiungere i suoi obiettivi, la rete svolgerà attività di coordinamento, servizio, formazione e ricerca nell’arco dei prossimi tra anni. In questo periodo, lo sforzo maggiore si concentrerà sui primi tre aspetti, perseguendo finanziamenti alternativi per lo svolgimento delle attività di ricerca via via identificate.

Tra le attività previste, si possono evidenziare:

1. l’organizzazione e lo svolgimento di corsi relativi sull'uso di strumenti bioinformatici e sulle tecnologie ICT più innovative per il loro sviluppo, nonché di seminari e workshop nei quali saranno presentati i risultati delle attività svolte dai partner nell’ambito della rete,
2. la messa in comune, sul sito web del progetto, di numerosi strumenti bioinformatici, software e database, in supporto all’oncologia clinica e sperimentale, evidenziando competenze e strumenti sviluppati dai ricercatori della rete, garantendone il mantenimento e l’aggiornamento costante,
3. lo sviluppo di collaborazioni con gestori di servizi di High Performance Computing e infrastrutture di rete avanzate (Grid) per l'accesso e l'utilizzo degli stessi, a partire dalle collaborazioni già in atto, e prevedendone, ove possibile, l’allargamento ai partner e agli Istituti di ACC,
4. l'organizzazione di gruppi di lavoro su tematiche specifiche che possano supportare l’attività di internazionalizzazione, favorire lo sviluppo di nuovi strumenti bioinformatici e il trasferimento di competenze tra Istituti,
5. lo sviluppo di collaborazioni tra la rete e Istituti oncologici europei e internazionali d’eccellenza, partendo dalle collaborazioni esistenti e attivandone di nuove.

Va anche precisato che nella prima fase del progetto, della durata prevista di un anno, sarà svolto uno studio di analisi e fattibilità che consenta di definire più precisamente gli obiettivi e le modalità operative dei gruppi di lavoro. Si mirerà alla definizione dei gruppi partendo dagli interessi manifestati dai partner e dall’esigenza di assicurare il supporto alle iniziative internazionali, avendo cura di coinvolgere il maggior numero possibile di Istituti, e alla scelta delle modalità ottimali per il loro funzionamento..

COORDINAMENTO

Sarà svolto in maniera tale da facilitare e stimolare lo sviluppo di nuove iniziative da parte dei partecipanti, ma controllando attentamente lo svolgimento del progetto in funzione dei suoi obiettivi e dei tempi previsti. Si prevedono:

• contatti continui tra il coordinamento e i responsabili scientifici delle unità operative, principalmente tramite email,
• analisi e verifica dell’avanzamento del progetto, con particolare attenzione allo studio di fattibilità alla conclusione del quale sarà redatta una relazione dettagliata,
• redazione periodica di relazioni sullo stato del progetto e i suoi risultati principali,
• organizzazione di riunioni periodiche, usualmente in occasione degli eventi formativi e scientifici della rete, e di un meeting generale annuale,
• redazione di un bollettino informativo interno alla rete con cadenza biannuale

È opportuno evidenziare in questo contesto che, all’atto della definizione delle unità operative del progetto, si è stabilito di costituire una unità operativa per ogni Istituzione coinvolta. In questo modo, a fronte di un impegno di coordinamento sicuramente maggiore, si è inteso responsabilizzare ogni singola Istituzione ponendola di fronte alla necessità di confrontarsi per tutta la durata del progetto con i suoi obiettivi e il relativo stato di avanzamento, nonché ovviamente con gli impegni presi.

FORMAZIONE

Come detto, uno dei principali obiettivi della rete è costituito dal miglioramento delle competenze bioinformatiche disponibili in ogni IRCCS e, complessivamente, in ACC. Per raggiungere questo obiettivo si intende puntare sia sulla formazione tradizionale, sia sullo scambio di competenze interistituzionali. Nell’ambito del progetto saranno quindi organizzati annualmente due corsi di formazione, della durata media di tre giorni, uno dei quali dedicato all’approfondimento degli strumenti software utili per uno specifico interesse, come ad esempio l’analisi dei dati da microarray, la predizione di strutture proteiche, la genomica comparativa e la bioinformatica clinica, e uno dedicato ad aspetti più informatici, quali linguaggi di programmazione e software per l’automazione di processi di recupero ed analisi dei dati.

Si valuterà inoltre la possibilità di utilizzare l’infrastruttura e le competenze offerte da uno dei partner per realizzare progetti di formazione a distanza e per predisporre documentazione e manualistica disponibile in remoto.

Si intende altresì organizzare un workshop annuale per la presentazione da parte dei partner dei risultati delle proprie attività bioinformatiche al quale saranno anche invitati ricercatori di chiara fama. Questo workshop potrà appoggiarsi ad altri convegni nazionali di bioinformatica, quali il convegno annuale della Società Italiana di Bioinformatica BITS (http://www.bioinformatics.it/), che nel corso del 2009 sarà organizzato dall’IST di Genova e nel 2010 si terrà quasi sicuramente a Bari ove è comunque presente un partner della rete, o il workshop NETTAB (Network Tools and Applications in Biology), un workshop sulle tecnologie ICT più innovative e il loro utilizzo in bioinformatica, che si svolge in Italia annualmente (http://www.nettab.org/).

SITO WEB DI PROGETTO

Il sito del progetto contribuirà al coordinamento delle iniziative, alla messa in comune dei servizi bioinformatici, alla realizzazione collaborativa di documenti e software.

Il sito verrà implementato utilizzando Plone, o altro software da esso derivato, che consenta di gestire la multilingualità (interfacce adattate a diverse lingue, principalmente Italiano e Inglese) e lo sviluppo collaborativo (nel quale tutti i ricercatori interessati possono contribuire ad aggiornare i documenti e i software che risiedono sul server e per i quali sono mantenute e sincronizzate versioni successive).

All’interno del sito troveranno spazio numerosi strumenti bioinformatici in supporto all’oncologia clinica e sperimentale. Tra questi sono già stati individuati alcuni prodotti dei partner (si vedano i singoli contributi per un elenco esaustivo) tra i quali possono essere evidenziati:

• vario software per l’analisi delle sequenze e delle strutture tridimensionali,
• varie banche dati (sequenze di oligonucleotidi, risorse biologiche, esperimenti microarray ….)
• AntiHunter, software per identificare trascritti antisenso in dbEST, effettuando ricerche genome-wide per parole chiave
• il portale biowep (Workflow Enactment Portal for Bioinformatics) per l’automazione delle procedure d’analisi dati,

Altri software e database saranno sviluppati nell’ambito del progetto. Tra questi, i software / database in supporto alle reti delle biobanche e dei registri tumori, per i quali si lavorerà ovviamente in stretto collegamento con le relative reti.

Per tutti questi strumenti saranno garantiti il mantenimento e l’aggiornamento costante all’interno del laboratorio della Struttura di Bioinformatica dell’IST, oltre a quello degli sviluppatori originali.

SUPERCALCOLO E RETI GRID

Nell’ambito della bioinformatica, si stanno affermando evidenti esigenze di supercalcolo. Tra queste, una delle più importanti è legata all’analisi degli esperimenti di microarray a causa della memoria necessaria per effettuare l’analisi in parallelo di varie decine di array e per il considerevole aumento del numero di campioni presenti in ogni array. Altri settori hanno bisogno di notevole velocità di calcolo, ad esempio nella determinazione delle strutture tridimensionali e nell’analisi dei modelli cellulari e delle reti di interazione molecolare.

Non è un caso che siano attualmente finanziati due laboratori FIRB di bioinformatica, entrambi utilizzanti reti Grid e supercomputer. Nell’ambito della rete RNBIO sono compresi Istituti che hanno collaborazioni attive con entrambi i laboratori, come l’IST, che partecipa al Laboratorio Interdisciplinare di Tecnologie Bioinformatiche (LITBIO, http://www.litbio.org/) e lo IOR che collabora, tramite il CINECA, al Laboratorio Internazionale di Bioinformatica (LIBi, http://www.libi.it/).

La nostra rete svilupperà le collaborazioni in atto portando le competenze relative all’interno dei gruppi di lavoro e inserendo opportune occasioni formative nei corsi e nei workshop.

GRUPPI DI LAVORO

I gruppi di lavoro devono contribuire al trasferimento delle competenze, supportare l’attività di internazionalizzazione e portare alla definizione di progetti di ricerca e allo sviluppo di strumenti bioinformatici. Va evidenziato che il loro ruolo non è quello di riunire pochi esperti di argomenti molto specifici, ma di mettere a confronto esperienze e competenze diverse su argomenti di comune interesse; un punto di incontro tra bioinformatici, statistici medici, biologi e clinici. Buona parte dell’attività della rete sarà quindi concentrata su di essi. Per questo, è essenziale che rispecchino il reale interesse dei ricercatori e siano attivamente partecipati. Si rende quindi necessario operare un’adeguata selezione degli argomenti dei gruppi di lavoro, oltre che delle loro modalità operative. Questo sarà fatto nel corso del primo anno di progetto con lo studio di fattibilità già più volte citato.

Quanto alle modalità con le quali i partecipanti ai gruppi potranno interagire tra loro, si prevede di ricorrere a strumenti di comunicazione telematici, dalla mailing list alla teleconferenza skype, all’ausilio del sito web, sia per la scrittura collaborativa che per la raccolta e distribuzione di documenti, e infine a riunioni periodiche, da svolgersi principalmente in occasione di altri eventi, quali i corsi, il workshop e altri convegni nazionali di larga partecipazione.

Quanto invece agli argomenti, si prevede di iniziare con alcuni per i quali già appare un esplicito e dichiarato interesse da parte dei partner, ed è quindi possibile coinvolgerne il maggior numero possibile, o sono funzionali agli obiettivi della rete. Una selezione dovrà quindi essere inizialmente effettuata, sulla base dei criteri suddetti, delle proposte dei partner. Tra queste:

• oncogenomica funzionale, analisi degli esperimenti di microarray, data mining,
• metodi statistici computazionali per l’analisi e la previsione dei profili molecolari.
• oncoproteomica, analisi si spettrometria di massa,
• modelli di dati biologici, database, librerie software
• automazione dei processi d’analisi in-silico, Web Services e Workflow Management Systems,
• analisi automatica della letteratura scientifica e relativo text/data mining
• bioinformatica per le biobanche (in collegamento con la relativa rete del programma 2)
• infrastruttura bioinformatica per i registri tumori (in collegamento con l’iniziativa del programma 4 per ERANET)
• bioinformatica strutturale (in collegamento con l’iniziativa del programma 4 per INSTRUCT)
• pianificazione di studi di ricerca traslazionale per la valutazione del contributo diagnostico / prognostico dei dati “omici”

La partecipazione ai gruppi potrà essere estesa su invito a ricercatori di altri istituti che possano portare un contributo importante e, senza oneri per la rete, a tutti i ricercatori interessati, sia dagli IRCCS oncologici, sia da altri Istituti che abbiano una collaborazione in atto con questi.

RISULTATI ATTESI

La Rete Nazionale di Bioinformatica Oncologica consentirà di elevare le competenze bioinformatiche negli IRCCS oncologici sino a un livello di eccellenza. Questo risultato sarà ottenuto principalmente consentendo il trasferimento di competenze ed esperienze tra ricercatori, formando adeguatamente sia il personale di ruolo che i contrattisti, allargando a tutti i partner le collaborazioni che ciascuno di essi ha con Istituti, reti e gestori di servizi Grid e HPC di elevata qualità e mettendo a disposizione tramite il sito del progetto gli strumenti necessari per lo svolgimento di ricerche innovative.

Questi risultati saranno raggiungibili dalla maggioranza dei membri di ACC in quanto la rete non è un gruppo elitario, riservato ai soli bioinformatici, ma è aperta a tutti i ricercatori e i clinici interessati a sviluppare le proprie competenze in questo settore e a collaborare stabilmente con i bioinformatici per rendere più efficiente ed efficace la propria attività legata all’analisi in-silico delle informazioni biologiche e cliniche. La rete, inoltre, intende allargare la partecipazione ai propri gruppi di lavoro anche a ricercatori e clinici di altri Istituti di ACC, rendendo possibile un reale, complessivo miglioramento delle competenze in tutti gli IRCCS oncologici, anche in vista di un futuro e auspicato allargamento della rete a tutti i soci.

Altro risultato atteso estremamente importante è la possibilità di partecipare congiuntamente a progetti nazionali, internazionali e, in particolare, ai progetti ERANET ed ESFRI, nonché ai bandi del VII Programma Quadro HEALTH e IST e a progetti internazionali bilaterali o aperti a gruppi ristretti.

Infine, ultimo aspetto, ma non di minore importanza, sul sito web saranno disponibili gli strumenti software sviluppati dai partner della rete e quelli ritenuti utili per le esigenze dei ricercatori e clinici degli IRCCS oncologici. Il sito web sarà un punto di riferimento per le applicazioni di bioinformatica oncologica non solo nazionale, ma anche europea e internazionale.

TRASFERIBILITÀ DEI RISULTATI E DEI PRODOTTI

Data la natura dei risultati attesi, che consisteranno come detto da un lato nello sviluppo di competenze e professionalità, dall’altro nello sviluppo di software e database, la loro trasferibilità sarà perseguita principalmente attraverso l’estensione della rete, la promozione del sito, e pubblicazioni mirate da parte delle singole unità e della rete nel suo complesso.

Inizialmente, per motivi pratici, la rete sarà estesa prevedendo la partecipazione all'attività dei gruppi di lavoro, ai corsi di formazione e ai workshop della rete di ricercatori e clinici esterni alle unità operative la cui presenza possa essere di interesse per un miglior collegamento con le attività del Programma 4. Successivamente, la rete potrà essere ulteriormente estesa includendo nei progetti di ricerca che nasceranno dalle attività dei gruppi anche altri partner.

La promozione del sito avverrà sia con i classici strumenti dell’inserimento nelle directory dei siti bioinformatici e di interesse oncologico, sia implementando metodologie informatiche utili per l’inserimento delle pagine del sito nelle prime posizioni delle ricerche di motori noti come google e yahoo. Inoltre, sarà cura dei partecipanti promuovere al massimo il sito e la relativa disponibilità di software e database nelle proprie pubblicazioni e poster.

Le pubblicazioni su riviste scientifiche, che ovviamente non sono preventivabili in maniera esatta, saranno perseguite in via di massima priorità, anche per i riflessi che queste hanno sulla visibilità e immagine della rete. Per questo motivo, il coordinamento si impegnerà a pubblicare nella maniera più estesa possibile informazioni sulla rete, i suoi obiettivi e risultati, e a facilitare la pubblicazione dei partner. In questo senso, si cercherà, ad esempio, di far apparire gli atti dei workshop su riviste del settore, possibilmente con Impact Factor. Una collaborazione con BMC Bioinformatics per la pubblicazione dei migliori articoli dei workshop NETTAB è già in atto da quest’anno e si cercherà di estenderla anche alle attività della rete.

Infine, valutando l’importanza e l’impatto economico e commerciale del settore ICT nella società odierna, il coordinamento cercherà di sfruttare al massimo i contatti con le aziende italiane ed estere e le competenze della Struttura Complessa Trasferimento Tecnologico dell’IST per verificare la possibilità di brevettazione, di sviluppi commerciali dei prodotti della rete e di eventuali avviamenti di spin-off.

RILEVANZA AI FINI DELLA REALIZZAZIONE E INTEGRAZIONE DI RETI REGIONALI, INTERREGIONALI, O EUROPEE

Le politiche d’intervento dell’Unione Europea a sostegno delle attività di RST&D hanno identificato nuovi strumenti che prevedono la co-partecipazione degli Stati membri alla realizzazione di reti e infrastrutture di ricerca d’interesse sovranazionale per meglio contribuire alla realizzazione dell’area europea della ricerca. In tale ottica, reti nazionali e regionali devono trovare la naturale collocazione in progettualità di respiro europeo per realizzare le auspicate sinergie destinate a potenziare l’investimento nazionale e fornire un sostegno concreto all’esportazione dell’eccellenza del nostro paese.

La Rete Nazionale di Bioinformatica Oncologica verrà strutturata per rispondere anche a queste esigenze e le componenti che contribuiranno a realizzare l’iniziativa faranno riferimento a specifiche infrastrutture o progetti già presenti o in fase di realizzazione a livello europeo al fine di favorire una partecipazione di sistema che, rafforzato in casa, abbia maggiori possibilità di competere in Europa offrendo opportunità di crescita alla rete stessa e a quanti dovranno sfruttarne, esternamente alla rete, le auspicabili ricadute.

Nella rete di bioinformatica, si prevede, già dai primi mesi, l'attivazione di un gruppo sulla bioinformatica in supporto alle biobanche per la definizione di standard ICT sulla base di competenze disponibili in IST e presso l’Istituto Oncologico di Bari. Questa specifica attività si rende necessaria per contribuire allo sviluppo dell’infrastruttura italiana biobanche e per una migliore partecipazione alla rete omonima individuata in ambito ESFRI.

Lo stesso approccio verrà perseguito per facilitare il collegamento all’infrastruttura ESFRI per la biologia strutturale “INSTRUCT” attivando una collaborazione in rete di bioinformatica strutturale.

La partecipazione italiana in qualità di coordinatore per la realizzazione di una rete europea di registri del cancro per lo sfruttamento per finalità di ricerca dei dati conservati nei registri stessi, troverà sostegno in una struttura bioinformatica specifica destinata a facilitare il compito di raccordo tra dati conservati ed evidenze scientifiche di possibile interesse.

La rete nel suo complesso cercherà anche di stabilire un collegamento con il progetto di potenziamento ed estensione dell'infrastruttura specifica per la bioinformatica (Improvement of the European Bioinformatics Institute), prevista anch'essa dalla roadmap ESFRI. La possibilità di attivare nuovi gruppi di interesse sulla base di particolari esigenze potrà anche essere sfruttata per altri progetti di collaborazione che potranno delinearsi nel corso dei tre anni di progetto. La collaborazione con le Reti di Eccellenza UE attive nell'ambito dell'Informatica Biomedica verrà promossa sin dall'inizio del progetto RNBIO, sulla base delle esistenti collaborazioni di ricerca internazionale già attive fra i partecipanti. Di particolare interesse sarà l’apertura a gruppi eccellenti in altri CCC europei aderenti all’OECI al fine di verificare l’opportunità e la reale possibilità di realizzare un gruppo di lavoro OECI sulla bioinformatica oncologica che possa meglio rappresentare a livello europeo le esigenze del settore.