Nell’ambito della sua iniziativa “Oncology Bioinformatics Courses” sulla formazione dei ricercatori degli IRCCS oncologici, la Rete Nazionale di Bioinformatica Oncologica (RNBIO, http://www.rnbio.it/) di Alleanza Contro il Cancro (ACC, http://www.alleanzacontroilcancro.it/) propone un corso di base sul linguaggio di programmazione R (http://www.r-project.org/).

R è un linguaggio di programmazione modulare e flessibile per il calcolo statistico che integra un gran numero di tecniche, sia matematiche (modelli lineari e non lineari, test statistici classici, analisi di serie temporali, classificazione, clustering...) che grafiche.

In particolare, R prevede molti moduli per l’analisi statistica in ambito bioinformatico, il più noto dei quale è BioConductor (http://www.bioconductor.org/).

Il corso non richiede pre-requisiti, a parte le conoscenze di base sull’uso di PC, ed è propedeutico al corso avanzato “Computational and Statistical Aspects of Microarray Analysis” (CSAMA08,  http://www.economia.unimi.it/projects/marray/2008/), che si terrà a Bressanone dal 15 al 20 Giugno 2008.

Il corso comprenderà lezioni teoriche ed esercitazioni pratiche assistite (si veda il programma). Saranno ammessi al corso fino a 30 studenti a pieno titolo, per i quali saranno disponibili postazioni hardware condivise per lo svolgimento della pratica, e fino a 80 uditori, che saranno ammessi alle sole lezioni teoriche.

Deadline per l’iscrizione: Venerdì 23 maggio 2008

L’iscrizione è gratuita ma sarà data la precedenza ai dipendenti e ai contrattisti degli IRCSS partecipanti alla rete RNBIO e a quelli oncologici iscritti entro il prossimo 20 maggio 2008.

Link per l’iscrizione online: http://www.cineca.it/bdp/stampa/eventi/iscrizione?CODICE=corso_r

Programma del Corso

Giorno 1: Strutture di dati in R 

I. Lezione (9.30 - 12.30; 14.00 - 15.15)

R come ambiente di programmazione

Manipolazione semplice di vettori

Arrays e matrici

Liste e data frames

Lettura e scrittura di dati in files

II. Laboratorio (15:30 - 18.00)

Giorno 2: Programmare in linguaggio R

I. Lezione (9.30 - 12.30; 14.00 - 15.15)

Procedure grafiche

Funzioni e script in R

Programmare con librerie R : esempio usando i pacchetti di Bioconductor

Maggiori informazioni su R: Libri e risorse online

II. Laboratorio (15:30 - 18.00)

Docenti:

Giorgio Valentini, PhD

Dipartimento di Scienze dell'Informazione (DSI), Università degli Studi di Milano, Italy

Daniela Marconi, PhD

CRO, Aviano, Italy

Dipartimento di Fisica, Università di Bologna, Italy

Davide Rambaldi, PhD Student

(IFOM-IEO Campus), Milan Italy