Responsabile: Giuliani Silvia

Descrizione:

Questo corso è stato concepito con l'idea di fornire ai bioinformatici o ai bio-ricercatori con alcuna esperienza di programmazione un supporto di conoscenza sufficientemente solido da cominciare a sviluppare le proprie applicazioni in Perl.
Questo è il linguaggio di elezione per molte applicazioni bioinformatiche in quanto è adatto per gestire stringhe di testo, come ad esempio sequenze genomiche e proteiche. In aggiunta, i database di tipo biologico contengono molto spesso informazioni sotto forma di annotazioni e stringhe di testo, efficacemente estraibili e gestibili da Perl. Il corso si compone di due moduli indipendenti della durata ciascuno di due giorni. Il primo modulo tratta i fondamenti di Perl. Il secondo modulo, invece, verte sulla programmazione avanzata in Perl e su Bioperl. Nelle note dell’iscrizione si potrà specificare il modulo a cui si vuole partecipare (solo Perl, solo Perl avanzato+Bioperl, entrambi i moduli).

Argomenti:

Primo modulo:Variabili scalari e array. Gestione di file. Funzioni e cicli. Regular expression e pattern matching.
Secondo modulo: Subroutine e reference. Oggetti in Bioperl. Sequences and Features. Alignments.

Destinatari:

Biologi, Bioinformatici e tutti coloro che, pur non avendo esperienza di programmazione, desiderino usare Perl per scrivere semplici applicazioni e programmi.

Prerequisiti:

Nessuno

Metodo:

Lezioni teoriche seguite da esercitazioni pratiche in laboratorio

Documentazione:

Copia del materiale presentato

Durata:

4 giorni

Orari:

9.15-13.00 / 14.30-18.30

Massimo numero di studenti: 25

Minimo numero di studenti: 6