SNP array insieme alla tecnologia di ibridazione genomica comparativa a oligonucleotidi (arrayCGH) sono tecnologie di recente introduzione che costituiscono una valida alternativa alla citogenetica classica. Studi di CNA mediante tecnologia microarray a oligonucleotidi ad elevata copertura genomica creano grandi quantità di dati la cui analisi richiede competenze e software specifici.
Obiettivo del corso è quello di migliorare le conoscenze degli operatori circa la capacità di eseguire analisi di dati SNP array (SNP array virtual karyotyping) per analizzare le alterazioni del numero di copie (CNA) in modo autonomo.
Il corso riguarda esclusivamente l'analisi dei dati e non tratta la parte di laboratorio nell'analisi di microarray. Tutte le analisi verranno eseguite con software gratuiti ottenibili dalla rete. Nel corso verranno trattati esclusivamente dati Affymetrix ( SNP array).
Il corso è realizzato nell’ambito della Rete Nazionale di Bionformatica Oncologica di Alleanza contro il Cancro
(http://www.rnbio.it/).

Destinatari
Nr. 12 partecipanti interni ed esterni con crediti ECM (figure professionali accreditate: biologo, chimico, fisico, medico, tecnico di laboratorio, farmacista, veterinario).
Requisiti indispensabili per la partecipazione sono conoscenze di base del lavoro con microarray e abilità nell'uso del PC.

Programma Il corso riguarda esclusivamente l'analisi dei dati e non tratta la parte di laboratorio nell'analisi di Microarray. Tutte le analisi verranno eseguite con software gratuiti ottenibili dalla rete. Verranno trattati esclusivamente dati Affymetrix.

Lunedì 25 ottobre
11.00 – 13.00 Introduzione al corso
Ulrich Pfeffer, Paolo Romano
14.00 – 18.00. Aspetti teorici dell'analisi dei dati di SNP array Affymetrix per la determinazione delle alterazione del numero di copie (virtual karyotyping).
Cristina Battaglia

Martedì 26 ottobre
9.00 – 11.00 Introduzione a R/Bioconductor
Valentina Mirisola (aula informatica)
12.00 – 13.00 e 14.00 – 16.00
Esercitazioni di analisi dati SNP array mediante software gratuiti
Cristina Battaglia, Eleonora Mangano (aula informatica)
16.00 – 18.00
Introduzione all'integrazione dei dati SNP array e Gene Expression Profiling
Silvio Bicciato (aula informatica)

Mercoledì 27 ottobre
9.00 – 13.00 Esercitazioni di genomica integrata
Silvio Bicciato, Livia Torterolo (aula informatica)
14.00 – 16.00 Conclusione del corso
16.00 – 16.30 Consegna dei questionari di apprendimento e gradimento ECM


Docenti
Silvio Bicciato, Dipartimento di Scienze Biomediche, Università degli Studi di Modena e Reggio Emilia
Cristina Battaglia, Dipartimento di Scienze e Tecnologie Biomediche, Università degli Studi di Milano
Eleonora Mangano, CNR – Istituto Tecnologie Biomediche, Segrate, MI
Valentina Mirisola, S.C. Diagnostica Molecolare Avanzata IST, Genova
Ulrich Pfeffer, S.C. Diagnostica Molecolare Avanzata IST, Genova
Paolo Romano, S.C. Anatomia e Citoistologia Patologica IST, Genova
Livia Torterolo, Bio-Lab, Dipartimento di Informatica, Sistemistica e Telematica, Università degli Studi di Genova

Responsabili Scientifici
Ulrich Pfeffer, Direttore S.C. Diagnostica Molecolare Avanzata IST, Genova
Paolo Romano, S.C. Anatomia e Citoistologia Patologica IST, Genova

Modalità e termini di iscrizione
Partecipazione gratuita e prioritaria per il personale dipendente e contrattista degli IRCCS di Alleanza Contro il Cancro; per altri partecipanti è prevista una quota di iscrizione di € 200,00 iva esclusa. Le schede di iscrizione del personale interno devono essere inviate alla Struttura Formazione entro il 1 ottobre; per gli esterni la data di scadenza dell’iscrizione è il giorno 11 ottobre. I moduli di iscrizione sono direttamente scaricabili dall'indirizzo http://www.istge.it/formazione/SCHEDA_ISCRIZIONE.pdf