Motivazioni e obiettivi

Nell'ambito della Rete Nazionale di Bioinformatica Oncologica è emersa l'importanza di approfondire le specificità dell'analisi statistica dei dati bioinformatici. In quest'ottica, il gruppo di lavoro sui "Metodi statistici per l'Analisi e la Previsione dei Profili Molecolari" si è fatto carico di organizzare un primo corso, sotto forma di laboratorio didattico con forte componente interattiva.
Il corso è realizzato in collaborazione tra l'Istituto Nazionale Tumori di Milano (INT), l'Università degli Studi di Milano e l'Istituto Nazionale per la Ricerca sul Cancro - Genova (IST).

Destinatari

Massimo 25 partecipanti. Il corso non è accreditato ECM.

Programma

Il corso si svolge dal 12 al 14 luglio 2010 nell'aula del Campus Cascina Rosa, Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori - Università degli Studi di Milano, Via Vanzetti 5, Milano

Lunedì 12 Luglio
 9.00-10.00 Introduzione al Corso: Variabilità Analitica e Biologica
10.00-11.00 Le basi di biologia molecolare per lo sviluppo di un studio genomico
11.00-12.00 Piattaforme e dati nell’analisi genomica
12.00-13.00 Pre-processamento dei dati: normalizzazione e filtraggio
13.00-14.00 Pausa
14.00-18.00 Introduzione al linguaggio R avanzato e alle librerie Bioconductor per la gestione e la normalizzazione dei dati

Martedì 13 Luglio
 9.00-10.00 Introduzione al Disegno dell’Esperimento
10.00-11.00 Test Statistico vs Test Diagnostico
11.00-12.00 Il controllo della molteplicità dei test secondo i concetti del controllo dell’errore di primo tipo e del False Discovery Rate
12.00-13.00 Introduzione al Modello Lineare
13.00-14.00 Pausa
14.00-18.00 Esercitazione in gruppi di lavoro. Valutazione dell'espressione differenziale su piattaforme microarray

Mercoledì 14 Luglio
 9.00-10.00 Modello Lineare per l’analisi della variabilità
10.00-11.00 Analisi della Regressione ed Analisi della Varianza
11.00-12.00 Il concetto dei flussi per l’analisi automatica di dati genomici
12.00-13.00 Esempi di realizzazione di workflow di analisi
13.00-14.00 Pausa
14.00-17.00 Esercitazione in gruppi di lavoro

Docenti

Federico Ambrogi, Università di Milano, Milano
Elia Biganzoli, INT e Università di Milano, Milano
Marina Bagnoli, INT, Milano
Niccolò Bassani, Università di Milano, Milano
Patrizia Boracchi, Università di Milano, Milano
Loris De Cecco, INT, Milano
Valeria Edefonti, Università di Milano, Milano
Paolo Romano, IST, Genova
Achille Zappa, Università di Genova e IST, Genova

Responsabile scientifico

Elia Biganzoli, INT e Università di Milano, Milano
Adriano Decarli, INT e Università di Milano, Milano

Iscrizione

La partecipazione è gratuita e prioritaria per il personale dipendente e contrattista degli IRCCS di Alleanza Contro il Cancro e per gli studenti. Per altri partecipanti è prevista una quota di iscrizione pari a 100,00 € per dipendenti pubblici e a 200,00 € per dipendenti di aziende private.
La registrazione deve essere effettuata entro mercoledì 7 luglio 2010 inviando un messaggio di posta elettronica a elia.biganzoli@unimi.it.
Il pagamento della quota di iscrizione può essere fatto on site. Altre forme di pagamento possono essere concordate con gli organizzatori, chi fosse interessato dovrebbe farlo presente all'atto dell'iscrizione.